Первый пилотируемый корабль новой модификации стартовал 7 июля 2016 года в 04:36 по московскому времени с площадки № 1 - "Гагаринский старт" космодрома Байконур. На нем отправился в космос экипаж очередной длительной экспедиции на МКС: космонавт Роскосмоса Анатолий Иванишин, астронавты ДжАКСА и НАСА Такуя Ониши и Кэтлин Рубинс, сообщил "Интерфакс". Корабль выведен на орбиту ракетой-носителем "Союз-ФГ". Как сообщает "Роскосмос", через 9 минут после старта "Союз МС" отделился от третьей ступени ракеты-носителя и специалисты Главной оперативной группы управления российским сегментом МКС в Центре управления полетами (ЦУП) приступили к управлению его полётом. Запуск должен был состояться в мае и переносился несколько раз, в том числе из-за проблем с программным обеспечением. "Союз МС" ("модернизированные системы") пришел на смену хорошо известному пилотируемому кораблю "Союз ТМА-М", сообщает ТАСС, но является своего рода промежуточной моделью. "Королёвская" РКК "Энергия" планирует создать многоразовый пилотируемый транспортный корабль "Федерация", чей возвращаемый аппарат уже демонстрировался на авиасалоне МАКС в Жуковском. За основу "Федерации" возьмут технические решения сегодняшнего дебютанта "Союза МС" и автоматического корабля "Прогресс МС", который начал летать в минувшем году. А первый запуск "Федерации" запланирован на 2021 год, по крайней мере, этот срок называет утвержденная в марте Федеральная космическая программа России на 2016-2025 годы. В смене названий при желании можно проследить политическую историю: "Союзы" в конце 60-х стали детищем СССР, преемником которого является Российская Федерация. Смело продолжая эту логику, попробуем пофантазировать, что следущий корабль будет называться, например, "Евразия".
Внешне "Союз МС" мало изменился по сравнению с ТМА, но в нем обновлены практически все внутренние системы. Теперь благодаря улучшенной системе управления движением и навигацией меньше времени будет занимать обнаружение спускаемого аппарата по возвращении с орбиты на Землю. А новая командно-телеметрическая система, работая через спутники-ретрансляторы "Луч" позволяет поддерживать связь с кораблем в любой точке орбиты, а не только над территорией России, как прежде. А точнее - как в 90-е годы, поскольку еще ранее существовала Служба Космических Исследований Отдела Морских Экспедиционных Работ (СКИ ОМЭР) АН СССР , располагавшая большим научным флотом, позволявшим поддерживать связь с космическими аппаратами из различных районов мирового океана.
НИИ Точных приборов установил на "МС" модернизированную систему стыковки "Курс-НА" (новая активная), по сравнению с предыдущим поколением она вдвое легче и втрое экономичнее по энергопотреблению. Изменения коснулись также телевизионной системы для поддержания связи между кораблем и МКС, солнечных батарей, защиты от космического мусора и микрометеоритов.
Как ожидается, к российскому сегменту МКС корабль причалит 9 июля в 07:12 - сближение корабля с МКС происходит по двухсуточной схеме. Как пояснил на предстартовой пресс-конференции командир корабля, классическая двухсуточная 34-витковая схема сближения с МКС более надежна и лучше подходит для отработки систем корабля в первом, испытательном полете. Сближение корабля со станцией и причаливание к исследовательскому модулю "Рассвет" (МИМ1) планируется проводить в автоматическом режиме, под контролем российских членов экипажа МКС Алексея Овчинина и Олега Скрипочки, сообщает "Роскосмос".
Экспедиция МКС-48/49 продлится 115 суток. Командир корабля Анатолий Иванишин совершает свой второй полет в космос, японский космонавт Такуя Ониси и американка Кэтлин Рубинс оказались на земной орбите впервые.
Первый пилотируемый корабль новой модификации стартовал 7 июля 2016 года в 04:36 по московскому времени с площадки № 1 - "Гагаринский старт" космодрома Байконур. На нем отправился в космос экипаж очередной длительной экспедиции на МКС: космонавт Роскосмоса Анатолий Иванишин, астронавты ДжАКСА и НАСА Такуя Ониши и Кэтлин Рубинс, сообщил "Интерфакс". 
